sudo aptitude install php5-fpm nginx

/etc/nginx/sites-available/dokuwiki

dokuwiki

server {
	listen   127.0.0.1:80;
	server_name wiki.local;
	root /var/www/wiki;
	index index.html index.htm index.php;
	access_log /var/www/wiki/wiki.access_log;
	error_log /var/www/wiki/wiki.error_log;
 
        #Максимальный размер загружаемого файла
        client_max_body_size 50M;
 
	location ~ \.php$ {
		fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
		fastcgi_index index.php;
		include fastcgi_params;
		fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /var/www/wiki$fastcgi_script_name;
	}
 
	location ~ /(data|conf|bin|inc)/ {
	      deny all;
    	}
        #URL Rewriting
	location / { try_files $uri $uri/ @dokuwiki; }
	location @dokuwiki {
        	rewrite ^/_media/(.*) /lib/exe/fetch.php?media=$1 last;
	        rewrite ^/_detail/(.*) /lib/exe/detail.php?media=$1 last;
	        rewrite ^/_export/([^/]+)/(.*) /doku.php?do=export_$1&id=$2 last;
	        rewrite ^/(.*) /doku.php?id=$1&$args last;
	}
 
 
	location ~ /\.ht {
		deny all;
	}
 
}

В файле /etc/php5/fpm/php.ini выставить максимальный размер загружаемого файла

php.ini

...
upload_max_filesize = 50M
...

Создаем ссылку и перезагружаем все

ln -s /etc/nginx/sites-available/dokuwiki /etc/nginx/sites-enabled/
/etc/init.d/nginx restart
/etc/init.d/php5-fpm restart